En una conferencia de prensa, el representante de Fonatur aseguró que las zonas por las que pasará el Tren Maya ya cuentan con vías existentes, por lo que mucho del territorio que se usaría ya ha sido impactado y solo se procederá a restaurar y reactivar las mismas.
También especificó que uno de los principales objetivos del Tren Maya es integrar a las comunidades que forman parte de la selva, más no destruirlas, es decir que favorecerá a la economía de estas zonas y las áreas naturales serán protegidas, en el caso de los animales se crearán puentes de paso naturales para que no se afecte su entorno, ni se expongan al cruce de las vías.
También destacó que el Tren Maya contamina 100 veces menos que una carretera, pues la maquina operaría con biodiesel que es un elemento mucho menos contaminante que los otros hidrocarburos. De tal manera, que no habrá una gran devastación de selvas y ecosistemas durante el desarrollo de esta obra.